Muzeum posiada własny księgozbiór liczący ponad 5000 tysięcy woluminów, wśród których znajdują się książki i czasopisma z zakresu archeologii, sztuki, historii, etnografii i pokrewnych dziedzin. Księgozbiór wzbogacany jest o wydawnictwa związane z historią Hrubieszowa i regionu oraz opracowania na temat życia i twórczości Stanisława Staszica, założyciela Towarzystwa Rolniczego Hrubieszowskiego. W ramach swojej działalności Muzeum umożliwia do celów naukowych korzystanie ze swojego księgozbioru.
Biblioteka Muzealna udostępnia zbiory własne tylko na miejscu i w wypadku kiedy poszukiwana pozycja nie znajduje się w zbiorach żadnej biblioteki na terenie powiatu hrubieszowskiego. Wskazane przez zainteresowanego pozycje podaje pracownik Muzeum.